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Mrs. Brisby und das Geheimnis von NIMH basiert auf den Büchern von Robert C. O’Brien, in denen die kürzlich verwitwete Mäusedame Mrs. Brisby damit zu kämpfen hat, dass einerseits ihr lungenkranker Sohn strengste Bettruhe einzuhalten hat, andererseits "der große Tag des Umzugs" für die komplette Feldsiedlung ansteht - der Tag, an dem der Bauer den Acker umpflügt.
Nach dem Rat einer alten, weisen Eule macht sich Mrs. Brisby auf in das Reich unter dem Rosenbusch, um Hilfe bei den Ratten zu suchen. Es sind geflohene Versuchstiere aus den Laboren des Nationalen Instituts für geistige Gesundheit (National Institute of Mental Health) und durch diverse Experimente besonders intelligent - doch ihre Gesellschaft befindet sich an einem Scheideweg: Sollen sie weiter so für sich in ihrer eigenen Welt leben oder ihre Fähigkeiten nutzen um sich noch weiter zu entwickeln und damit auch anderen zu helfen.