2.01 The Siege (3) / Die Belagerung (3)
Atlantis wird von den Wraith angegriffen und Lt. Ford scheint nicht mehr der zu sein der er einmal war...
2.02 The Intruder / Der Eindringling
Die Angriffe der Wraith sind vorbei und einige des Atlantisteams fliegen mit der Daedalus zur Erde...
2.03 Runner / Der Läufer (DVD) / Dromoys (RTL2)
Sheppards Team macht sich auf die Suche nach Ford und begegnen Ronan Dex, der seit 7 Jahren von den Wraith gejagt wird...
2.04 Duet / Duett
Während einer Mission geschieht etwas mit McKay und Lt. Cadman. Beide werden miteinander verschmolzen...
2.05 Condemned / Verurteilt
Auf einem Planeten werden die Bürger von den Wraith in Ruhe gelassen, doch der Anführer hat ein Abkommen mit ihnen...
2.06 Trinity / Dreifaltigkeit (DVD) / Das Geheimnis der Antiker (RTL2)
McKay experimentiert an einer neuen Antiker-Technologie und Ronan Dex trifft auf überlebende seines Volkes...
2.07 Instinct / Instinkt
Sheppards Team trifft einen älteren Mann der ein Wraith-Mädchen, vor den Dorfbewohnern, versteckt hält...
2.08 Conversion / Die Verwandlung
Col. Sheppard hat sich mit einem Retrovirus infiziert. Nun verwandelt er sich in einen Wraith...
2.09 Aurora / Aurora
Das Atlantis-Team entdeckt ein Kriegsschiff der Antiker im All und alle glauben es sei verlassen...
2.10 The Lost Boys (1) / Die verlorenen Männer (DVD) / Das Enzym (RTL2)
Auf einem Planeten findet man endlich den vermissten Lt. Ford. Doch er ist feindlich gesinnt und nimmt das Team gefangen...
2.11 The Hive (2) / Bienenstock (DVD) / Im Netz der Königin (RTL2)
Ford und seine Anhänger wollen ein Wraith-Basisschiff entern und Sheppard wird von den Wraith geschnappt...
2.12 Epiphany / Offenbarung /DVD) / Epiphanie (RTL2)
Sheppard geht durch eine Pforte der Antiker und trifft auf eine Gruppe von Menschen, die kurz vor ihrem Aufstieg stehen...
2.13 Critical Mass / Kritische Masse (DVD) / Die Goa'Uld schlagen zu (RTL2)
Ein Peilsender auf Atlantis lockt die Wraith an. Den Peilsender hat jemand von der Erde platziert...
2.14 Grace Under Pressure / Unter Druck (DVD) / Halluzinationen (RTL2)
McKay steckt in Schwierigkeiten. Er ist in einem Puddle Jumper gefangen, welcher sich Kilometerweit unter Wasser befindet...
2.15 The Tower / Der Turm
Das SG-Team besucht einen Planeten auf dem ein Turm mit einem Antiker-Verteidigungsstuhl steht. Nur eine Person kann ihn steuern...
2.16 The Long Goodbye / Der lange Abschied (DVD) / Phoebus und Thalan (RTL2)
Weir und Sheppard werden von zwei Außerirdischen übernommen und werden zu einer Bedrohung für Atlantis...
2.17 Coup D'etat / Coup D'etat (DVD) / Der Staatsstreich (RTL2)
Teyla findet eine Liste mit den Namen von Sheppard, McKay und Major Lorne. Ein ehemaliger Genii-Agent hat diese Liste geschrieben...
2.18 Michael / Michael
Michael Kenmore, ein Soldat auf Atlantis, leidet unter Gedächtnisverlust. Er weiß nichts mehr aus seinem Leben...
2.19 Inferno / Inferno
Sheppard und sein Team werden auf einen Planeten gerufen um den Bewohnern zu helfen, die von Erdbeben bedroht werden...
2.20 Allies / Die Verbündeten (DVD) / Das Bündnis (RTL2)
Michael, der Wraith der mittels Retrovirus zu einem Menschen gemacht wurde, taucht an Bord eines Wraith-Basisschiffes auf...