4.01 Adrift / Verloren im All
Atlantis droht der Ausfall der Schilde und Dr. Weir muss sich einer schweren Notoperation unterziehen.
4.02 Lifeline / Rettungsleine
Während Sheppards Team sich auf den Weg zum Heimatplanten der Replikatoren macht, sucht Colonel Carter auf der Apollo nach Atlantis.
4.03 Reunion / Das Wiedersehen
Ronon trifft Überlebende von seiner Heimatwelt, Kameraden aus der Einheit die er beim Angriff der Wraith befehligte und schon lange kennt.
4.04 Doppelganger / Doppelgänger
Das Team erkundet einen Planeten der zwar in der Antikerdatenbank vorhanden ist, aber ohne jegliche Informationen.
4.05 Travelers / Reisende
Durch seine Fähigkeit die Antikertechnik aktivieren zu können, wird Sheppard für einige Aufgaben "angeworben".
4.06 Tabula Rasa / Tabula Rasa
Die Botanikabteilung hat sich bei der Arbeit in der Natur mit einem Bakterium infiziert. Ganz Atlantis wird angesteckt.
4.07 Missing / Verschollen
Ein normaler Einsatz außerhalb von Atlantis wird für Dr. Keller zur Zerreisprobe.
4.08 The Seer / Der Seher
Nachforschungen von Atlantis haben bisher nichts zum Verschwinden der Athosianer ergeben. Teyla möchte einen Seher um Rat fragen.
4.09 Miller's Crossing / Fehlentscheidung
Rodney und seine Schwester sollen helfen ein missglücktes Experiment doch noch zum Guten zu wenden.
4.10 This Mortal Coil / Die Mühsal der Sterblichen
Nicht scheint so zu sein, wie es zu sein scheint.
4.11 Be all my sins remember'd / Große und kleine Sünden
Die Asuraner haben mehr als 40 Schiffe in der ganzen Pegasus-Galaxie verteilt. Zeit für das Atlantis-Team Gegenmaßnahmen zu ergreifen.
4.12 Spoils of War / Kriegsbeute
Das Atlantis Team findet heraus, dass die Wraith im Besitz von mehreren ZPMs sind und damit schreckliches planen…
4.13 Quarantine / Quarantäne
Plötzlich werden auf Altlantis alle Türen verriegelt. Die Stadt hat die Quarantäneprotokolle ohne offensichtlichen Grund gestartet…
4.14 Harmony / Prinzessin Harmony
Sheppard und McKay helfen der Prinzessin eines befreundeten Volkes auf ihrem Weg zur Königin. Mit Gefahren...
4.15 Outcast / Der Ausgestoßene
Sheppard erfährt von dem Tod seines Vaters und reist mit Ronon zur Erde. Er trifft auf eine Frau die mit Replikatortechnologie arbeitet.
4.16 Trio / Trio
Colonel Carter, Dr. Keller und Dr. McKay begeben sich auf den Planeten M5V-801 um die Bevölkerung davon zu überzeugen, umzusiedeln.
4.17 Midway / Auf der Mittelstation
Teal'c besucht Atlantis, um Ronon dabei zu unterstützen sich auf die bevorstehende umfangreiche Befragung vorzubereiten.
4.18 Kindred - Part 1 / Verwandte - Teil 1
Teyla wird telepathisch von Kanaan, dem Vater ihres ungeborenen Kindes, kontaktiert und um Hilfe gebeten.
4.19 Kindred - Part 2 / Verwandte - Teil 2
Auf der Suche nach Ihrem Volk wird Teyla von Michael gefangen genommen. Er braucht Ihr Baby um seine Hybriden zu perfektionieren.
4.20 The Last Man / Der letzte Mann
Durch eine leichte Schwankung im Kontrollprogramm des Gatenetzwerkes, wird John Sheppard durch die Zeit transportiert.